mysql: Файлы mysql-bin.0000 Бинарные логи

Если через время вы обратите внимание на папку MySQL, вы обнаружите, что она выросла до неимоверных размеров.
И это с учетом того, что нагрузка минимальна.

Обратите внимание на файлы mysql-bin.000000 mysql-bin.000001 mysql-bin.000002 и т.д., они могу весить гигабайты.

Это — бинарные лог файлы для организации репликации СУБД.
Если вы используете репликации, то данная функция вам нужна. Но если не используете я советую вам ее выключить.
Для отключения функции, правильно это сделать так:
1. В конфиге MySQL комментируем строку my.cnf
log-bin=mysql-bin
2. И с правами root в mysql выполняем
reset MASTER;

Благодаря этому оптимизируется работа MySQL, и он работает гораздо быстрее, и вы экономите место на диске.